En un principio el pueblo se denominaba en la lengua mixteca "ñuu ndeya", que en la etimología mixteca ñuu es "pueblo" y ndeya "abundar" y traducido literalmente al español dice "pueblo que abunda", aunque existen otras versiones orales que lo definen como: "Pueblo donde está ella", posteriormente con la influencia de la expansión de dominio de los mexicas y más de lante de los españoles se le conoce como "Chalcatongo" de etimología: Chacalli, "camaroncillo", tontli, "diminutivo" co, "lugar de".

Traducido literalmente dice "lugar de camaroncillos" aunque con el paso del tiempo y no se sabe con exactitud cuando fue modificado el nombre se le conoce como Chalcatongo en la actualidad, lo de Hidalgo, se agrega después de la guerra de Independencia como una manera de recordar el sacrificio de los héroes de este movimiento social, esto ocurre en la mayor parte de los pueblos de la República, en el área religiosa se le conoce como: Santa María Chalcatongo, por la llegada de la virgen de Santa María de la Natividad que veneran en este municipio y se considera patrona del mismo.